Онежская военная флотилия, создана в июле 1918 для действий на Онежском и Ладожском озерах во время Гражданской войны 1918—20. Первоначальная состояла из 9 катеров, позже пополнена судами, мобилизованными из гражданских ведомств. Из боевых действий О. в. ф. наиболее известна Видлицкая операция 1919 и овладение островами Большой Климецкий и Мега (сентябрь — октябрь 1919). После Гражданской войны расформирована.

  Во время Великой Отечественной войны 1941—45 сформирована 7 августа 1941 и существовала до ноября 1941, затем воссоздана в декабря 1942. В её состав вначале входили 5 канонерских лодок, переоборудованных из озёрных буксиров и вооружённых орудиями, и несколько тральщиков; позже была пополнена катерами с реактивными установками. О. в. ф. (командующий — капитан 1-го ранга А. П. Дьяконов, с июля 1943 контр-адмирал П. С. Абанькин) поддерживала действия приозёрных флангов 7-й и 32-й армий Карельского фронта в 1941, участвовала в Свирско-Петрозаводской операции 1944, переправляя через р. Свирь войска и поддерживая их огнем, высаживая десанты (в конце июня 1944 в бухте Лахтинской, губе Уйской и в Петрозаводске). В июле 1944 расформирована.